Im Jahre 1259 wird in einer Urkunde der Name von Wain erstmals erwähnt.

Bereits 1275 wird Wain als Sitz einer eigenen Pfarrei genannt. 1353 werden die Bewohner als Untertanen der Ulmer Familie Gutwill erwähnt. Diese Familie besaß „Gericht, Zwäng und Bänn“ also alle Rechte im Dorf, dazu auch das Patronatsrecht. Verschiedentlich wechselten die Besitzer, teils durch Kauf oder teilweise auch durch Heirat, bis schließlich das Kloster Ochsenhausen 1510 den Besitz um 9.000 Gulden von dem Grafen von Kirchberg erwarb.

60 Jahre später geriet das Kloster in Geldschwierigkeiten und verkaufte Wain an Eustachius Landfried von Ulm, mit der Auflage, Wain katholisch zu erhalten. Schon ein Jahr später trat Landfried das erworbene Eigentum zum gleichen Kaufpreis an die Reichsstadt Ulm ab. Dabei unterließ er es, die Bedingungen, welche die Religion betrafen – die er selbst dem Kloster Ochsenhausen gegenüber eingegangen war – der Stadt abzufordern. Somit konnte Ulm in Wain die Reformation genauso einführen wie in ihren übrigen Besitztümern.

Im Jahre 1573 wurde Johannes Dürr als erster evangelischer Pfarrer in Wain eingesetzt. Vom Jahre 1650 an setzte eine große Einwanderung von Exulanten (Verbannten) aus Kärnten und der Steiermark ein, welche aus Glaubensgründen ihr Land verlassen mussten. Heute noch leben viele Nachfahren jener Auswanderer in Wain, deren Namen bis heute mit den heimatlichen Hofnamen in Kärnten übereinstimmen.

Infolge Finanznot musste die Stadt Ulm unter anderen auch ihr Besitztum Wain im Jahre 1771 veräußern.

Um 500.000 Gulden erwarb Freiherr Benedikt von Herman, Bankier in Venedig, geboren zu Memmingen, den Ort mit allen Gütern, Gülten und Gerechtigkeiten. Das besonders schön in der Ortsmitte gelegene Schloß zeugt heute noch von dem Besitztumswechsel.

Bei der Gemeindereform in 1973 konnte Wain seine Selbständigkeit erhalten.